酸性水でも強酸性次亜塩素酸水でも良いと思います。

まず、加湿することに意味があり、インフルエンザウイルスなどは乾燥させるとウイルスが元気になってしまいます。
ただし、強酸性次亜塩素酸水は微量の塩分が残っており、狭い部屋で必要以上に噴霧すると精密機器等に塩害が出る恐れがあります。
加湿器に入れるときは3〜5倍程度に酸性水で希釈しても良いと思いますし、使用場所によってご判断ください。